Sejarah Desa Kepanjen tidak terlepas dari sejarah perang Diponegoro, pada saat itu sekitar tahun 1900. Pada saat terjadi perang Diponegoro prajurtinya banyak yang disebar ke suruh wilayah Indonesia salah satunya ke Jawa Timur yaitu ke daerah Nganjuk.

Di suatu tempat ini awalnya hutan belantara yang jumlah penduduknya belum begitu banyak, prajurit Diponegoro yang berperang melawan Belanda disitu mereka juga menyebarkan agama Islam. Panglima perang tersebut bernama Panji, kemudian mereka mendirikan surau/langgar di tempat tersebut untuk mengembangkan agama Islam dengan menunjuk salah seorang yang bernama Kyai Abdul Rohman sebagai Imam. Kemudian tempat yang dipergunakan untuk menyebarkan agama tersebut diberi nama "Desa KEPANJEN". Sesuai nama yang menyebarkan agama Islam tersebut (panglima perang tersebut) yang dipimpin oleh kepala desa yang pertama Ki Ageng yang memimpin seumur hidup dan langgar tersebut sekarang diberi nama masjid "AL MUQARRABIN". Dan bukti peninggalannya sampai sekarang masih ada yaitu berupa Makam "PANJI" Panglima Perang Diponegoro di wilayah Kepanjen.

Adapun kepala Desa yang pernah menjabat hingga sekarang adalah sebagai berikut :