Menurut cerita Nenek moyang dan keterangan dari berbagai pihak bahwa diperkirakan dahulu sebelum ada Desa keadaannya masih berupa hutan belantara yang belum terjamah oleh manusia pada suatu waktu datanglah para Punggawa kerajaan Majapahit dalam rangka mengembangkan wilayah dengan cara membuka lahan hutan dijadikan pemukiman.

Para Penggawa Majapahit bahu membahu dan gotong royong menebang hutan belantara pada saat menebang hutan para punggawa sering menjumpai pohon Mengkudu diberi nama tempat tersebut Sentono Kudu ada juga yang menyebut pohon Benthis atau Pace maka tempat tersebut diberi nama Pace.

Sedangkan sejarah Desa Pacekulon adalah sebagai berikut :

Pada awalnya hanya satu nama PACE  adalah sebuah Kadipaten yang dipimpin oleh seorang Kanjeng Raden Tumenggung (KRT)  dan Kadipaten Pace dipimpin KRT HIROSROJO.

 KRT HIROSROJO dan keluarganya menempati Kraton Kilen sedangkan Saudara-saudaranya menempati Kraton Wetan dalam kepemimpinannya KRT HIROSROJO  dikenal sangat dihormati pada saat itu, dikarenakan  masih kuat ikatan yang berpengaruh dari Kerajaan Mataram menjadikan KRT HIROSROJO  sangat terkenal,  disegani dan dicintai oleh rakyatnya.

Keadaan inilah yang menyebabkan penjajah Belanda terusik dengan menerapkan politik adu domba antara keluarga KRT HIROSROJO / Kraton Kilen diadu dengan Saudaranya yang berada di Kraton Wetan ternyata politik adu domba yang diterapkan penjajah Belanda berhasil posisi KRT HIROSROJO sebagai penguasa di Kadipaten Pace akirnya lemah dan menyerah apa yang diinginkan Penjajah Belanda diikuti.

KRT HIROSROJO akirnya wafat meninggalkan pesan minta dimakamkan diwilayah Kraton Kilen (Makam Sentono Kacek) dan Kadipaten Pace pindah ke wilayah Berbeg sedangkan Kadipaten Pace pecah menjadi  2(dua) Desa yaitu : 1. Desa Pacekulon         2. Desa Pacewetan.

Bukti bahwa Kadipaten Pace ada ikatan dengan Kerajaan Mataram adalah wilayah disekitar Kadipaten Pace sama dengan Kerajaan Mataram Contoh : Desa Jetis, Karanganom, Kauman, Cangkringan, Godeaan dll.

Desa Pacekulon pada saat itu dipimpin oleh seorang Demang tetapi tidak ada tulisan atau cerita yang bisa menjelaskan nama-nama Demang yang pernah memimpin Desa Pacekulon dan wilayah Desa Pacekulon terdiri dari  7(tujuh) Dukuhan yaitu :

1. Dukuh Krajan

2. Dukuh Pacelor (Sentono)

3. Dukuh Tanjung

4. Dukuh Kauman

5. Dukuh Dadapan

6. Dukuh Lobeser

7. Dukuh Cangkring

Pada tahun 1985 Dukuhan diganti menjadi Dusun dan akirnya disepakati dari 7(tujuh) Dukuhan menjadi 4(empat) Dusun yaitu :

1. Dusun Sentono terdiri dari 3(tiga)) RW

2. Dusun Tanjung terdiri dari 2(dua) RW

3. Dusun Kauman terdiri dari 4(empat) RW

4. Dusun Cangkring terdiri dari 2(dua) RW

Setelah dipimpin seorang Demang dipimpin seorang Lurah dan Kepala Desa, adapun pemimpin-pemimpin yang pernah menjabat di Desa Pacekulon adalah :

1. Lurah Siyar  masa jabatan  ( sebelum Merdeka )

2. Lurah Tir     masa jabatan ( sebelum Merdeka )

3. Lurah Atmo Sardjono masa jabatan (1945-1952)

4. Lurah Sairoen  masa jabatan (1952-1990)

5. Kepala Desa  Drs. Gatot Supriyadi  masa jabatan (1990-2004)

6. Penjabat Kepala Desa M.Abdul Syukur Salim, BSc masa jabatan (2004-2007)

7. Kepala Desa Priska Indarta, SH  masa jabatan (2007-2013)

8. Kepala Desa Paino, S.Sos  masa jabatan (2013-sekarang)

Demikian Sejarah singkat Desa Pacekulon.